Après avoir été amputé d'une partie de ses effectifs professionnels (Roger Flucklinger, Nicolas Hibst, Marcel Marchal...) qui ont été mobilisés en septembre 1939 sous le drapeau du célèbre 162ème RI de Metz, (champion de France militaire 1937-1938) pour être dirigés sur Laval; le FC Metz, reconstitué et renforcé, participe jusque Mai 1940 à une série de matchs amicaux disputés entre les meilleurs éléments régionaux des armées françaises et britanniques stationnées en Moselle. C'est ainsi que le club messin, qui joue tantôt sous la dénomination FC Metz renforcé, Entente du FC Metz, ou encore de sélection messine ou sélection française aligne différentes équipes au cours d'une saison dite "saison sportive de guerre".
En juillet et août 1940, le retour des jeunes lorrains démobilisés ou renvoyés dans leurs foyers permet d'envisager une reprise du football pour la saison 1940-1941. La rentrée à Metz de la presque totalité des joueurs professionnels a également permis à une poignée de dirigeants et à l'entraîneur Peter Fabian de reconstituter le club qui prend, du fait de l'occupation allemande, la dénomination de F.V Metz (Fussbal-Verein Metz). Rattachés à une ligue allemande du Gau Westmark réunissant la Sarre, le Palatinat et le sud de la Rhénanie, les différents clubs de Moselle annexée disputent un championnat régional pour les uns, interrégional pour les autres, le FV Metz est également appelé à disputer le "Tschammerpokal", la Coupe nationale d'Allemagne.
Pendant cette longue période d'humiliation, le FC Metz survit dans une sorte de léthargie dont il ne sort que l'espace de quelques victoires sur les équipes allemandes et au cours desquelles chaque "Allez Metz" est en réalité un "Vive la France" et une manière de résister face à l'envahisseur et son entreprise de nazification. Lui, ce cher FC Metz, qui a tant donné à l'équipe de France (Charles Zehren, Charles Fosset, Marcel Marchal, Ignace, Aimé Nuic), est réduit à servir de faire-valoir à une cause qu'il abhorre ! De nombreux joueurs professionnels, soit pour des raisons professionnelles ou familiales, soit sous la menace de l'incorporation de force dans l'armée allemande ou pour les plus jeunes dans le STO, doivent fuir et passer clandestinement la " frontière ". C'est le cas notamment, pour Antoine Gorius, Nicolas Hibst, Jean Lauer, qui se réfugient à Saint Etienne ou pour Emile Veinante qui rejoint Paris.
Des apports nouveaux et des renforts permettent de colmater les brèches et c'est ainsi qu'au FV Metz les retours de Jean Blaschek, de Bep Bakhuys, Tito Lorenzini, Willy Steibel pour ne citer qu'eux, permettent d'assurer la continuité de l'équipe messine.