En difficulté financière, le Club à la Croix de Lorraine vit une intersaison difficile. La masse salariale est bien trop élevée pour le budget d’un club de Ligue 2. Metz doit dégraisser et se sépare de plusieurs joueurs tels que Baticle, Meyrieu ou Régis. C’est dans des conditions difficiles que Jean Fernandez prend place au poste d’entraîneur en remplacement de Gilbert Gress. Alors qu’il reste sur une bonne période à Sochaux, club qu’il avait également repris en main à l’étage inférieur, Fernandez a la lourde tâche de remonter directement au sein de l’élite avec un effectif rajeuni. Si le début de saison s’avère difficile, l’équipe décollera au lendemain d’une nouvelle défaite à Valence (3-1). Les murs du vestiaire messin tremblent encore du coup de gueule passé par le président Molinari et son entraîneur au soir de cette déconvenue.

Dès lors, la formation lorraine entame son ascension au classement alors qu’elle occupe une triste seizième place. Solides à domicile (15 victoires, 3 nuls et 1 défaite), les Messins s’appuient sur une efficacité remarquable au niveau des coups de pieds arrêtés ainsi que sur un duo d’attaquant Niang - Adebayor qui fera merveille lors des matches retour. Le premier, prêté par Troyes lors du mercato d’hiver, sera également un acteur important de l’aventure messine en Coupe de la Ligue. Avant d’être barrés par Sochaux aux portes du Stade de France, au terme d’une rencontre riche en rebondissements, les Lorrains avaient déjoué les pronostics en éliminant Bordeaux puis Nantes, deux pensionnaires de l’étage supérieur.

Malheureusement, la coqueluche de Saint-Symphorien ne peut rester sur les bords de la Moselle au terme de la saison. La ré-accession à l’élite a beau être acquise, le club se doit d’apurer un passif qui l’empêche de recruter le Sénégalais. Comme si cela ne suffisait pas, Metz est également contraint de vendre. Ainsi, Adebayor s’envole pour Monaco et la ligne d’attaque doit être repensée. Le recrutement sera exclusivement composé de joueurs libres ou prêtés.

Cette saison 2003-2004 verra le onze messin afficher un bilan paradoxal. Ce dernier, plus apte à contrer qu’à faire le jeu, engrange la plupart de ses victoires à l’extérieur. La vitesse de Toifilou Maoulida (12 buts), prêté par Rennes toute la saison, représente une arme offensive de premier choix dans le système de Jean Fernandez. Malgré tout, le club reste en constante difficulté tout au long de l’année, naviguant à vue juste au dessus de la zone rouge. A dix journées de la fin, après une double défaite à domicile (contre Toulouse puis Lens, 2-0), Jean Fernandez bouleverse sa formation afin d’y intégrer de jeunes joueurs. Les Obraniak, Renouard, Gueye ou encore Béria participeront à la bonne fin de saison des Grenats. Celle-ci verra notamment la jeune garde messine triompher de Marseille au Stade Vélodrome (1-0, but de Méniri) et l’aventure se ponctuer par une belle victoire à domicile sur Bordeaux (3-1).

Si l’issue de cette première année en Ligue 1 est positive, les nerfs des uns et des autres ont été mis à rude épreuve. Toujours sans le sou, Metz renouvelle tout de même largement son effectif. Avec pour objectif de s’assurer du maintien avant les dernières journées de championnat. Malgré un départ époustouflant (leader après quatre matches et une nouvelle victoire à Marseille 3-1), la formation de Jean Fernandez ne parvient pas à trouver son rythme de croisière. La révélation de l’année, Franck Ribéry, quittera même le navire à la mi-saison pour rejoindre Galatasaray. Privée de son meilleur pourvoyeur de ballons, l’attaque messine accuse le coup, les renforts enregistrés au mercato ne suffisant pas à la redynamiser. C’est avec les tripes que les Messins parviendront à prolonger leur bail parmi l’élite. En accrochant, au courage, deux victoires à l’arraché contre des concurrents directs (Caen puis Istres), ils resteront à distance de la zone rouge. Il leur faudra tout de même attendre la dernière journée pour obtenir mathématiquement leur maintien. La souffrance aura encore été au rendez-vous. Jean Fernandez s’envole alors pour Marseille, entraînant le retour de Joël Muller. Un cycle prend fin. Si ces trois saisons furent douloureuses, le club est remis à flot sur le plan financier au moment d’aborder un exercice particulier parmi l’élite. Celui-ci verra en effet le Club à la Croix de Lorraine passer la barre des 2 000 matches en première division…