Lors de la saison 1987-88, le FC Metz décroche une honorable 8è place, à une longueur de Toulon, de Marseille et du Matra Racing. Mais surtout le club remporte pour la deuxième fois la Coupe de France, ce qui déclenche une vague d'enthousiasme impressionnante en Lorraine. Après s'être défait de trois clubs de D2, Mulhouse (1-0, 2-0) au premier tour, Quimper (0-1, 5-0) en quart de final et Reims en demi-finale (4-0, 1-3), le FC Metz affronte en finale Sochaux, vainqueur du groupe A de D2 avec seulement 2 défaites en 34 rencontres et 97 buts marqués au cours de la saison. Metz se méfie donc de ce 11 juin 1988 au Parc des Princes. Devant 44 531 spectateurs en fête, Stéphane Paille ouvre le score pour Sochaux (36ème) avant qu'Eric Black, le gentleman écossais n'égalise (45è). La seconde mi-temps ne permet pas aux deux adversaires de se départager. Ni la prolongation, qui laisse le tableau d'affichage bloqué à 1-1. M. Bouillet donne le coup de sifflet final, prélude à la terrible séance de tirs aux buts. Après les tentatives réussies de Bernard Zénier, qui débute pour le FC Metz, Hadzibégic, Philippe Hinschberger, Sauzée, Jean-Louis Zanon, Paille, Christian Bracconi et Rousset, Metz et Sochaux sont à égalité parfaite, 4 tirs au but à 4. Sylvain Kastendeuch, qui deviendra l'une des figures emblématiques du FC Metz, s'élance et bat Rousset, le gardien sochalien. Madar, lui, échoue. Metz l'emporte 5 tirs au but à 4, empoche la Coupe de France et se qualifie pour la Coupe des Coupes.

Metz affronte, dès le premier tour, l'équipe belge d'Anderlecht qui figure parmi les grands d'Europe. Les Messins ne font pas le poids et quittent la Coupe d'Europe prématurément (1-3, 0-2). Un résultat décevant, à l'image de leur performance en Championnat : 15ème à 26 points du champion, Marseille. Au terme de la saison 1988-89, Marcel Husson tire sa révérence. Le belge Henri Depireux prend le contrôle de l'équipe au début de la saison 89-90, mais les résultats ne sont pas à la hauteur des souhaits de Carlo Molinari. Il est vite remplacé par Joël Muller, responsable jusque là du centre de formation. Les messins terminent 14èmes du Championnat, avec seulement 4 points d'avance sur le Racing Paris 1, premier relégable.